La idea del padre Vicente Campos de crear una escuela para el sector Almendral se concretó en 1870 fundando la Escuela del Apostolado. La nueva institución, surge gracias a la Obra de la Hermandad del Sagrado Corazón de Jesús, establecida en la Iglesia de los Padres Jesuitas de Valparaíso.
En sus inicios tuvo como principal objetivo ofrecer una educación rigurosa que preparara a los niños para la vida del trabajo. Originalmente funcionó en una casa de la calle San José, con tres cursos y dos profesores.
A partir de 1913 la Escuela del Apostolado deja de pertenecer administrativamente a la Hermandad y es asumida por la Compañía de Jesús, cambiando su nombre a Escuela Pedro de Valdivia. A partir de ese período, la Escuela tuvo la responsabilidad de formar a muchas generaciones de porteños, ganando un prestigio de carácter histórico.
Los principales hitos del establecimiento fueron el buen desempeño de sus egresados en el ámbito laboral y, posteriormente, el traspaso de los alumnos al recién creado Liceo Experimental Rubén Castro.
En 1982 comenzaron una serie de cambios e innovaciones que se tradujeron en una nueva propuesta pedagógica, impulsando la educación personalizada y múltiples opciones para el desarrollo de los niños. Como una forma de reforzar estos cambios y vincular su espiritualidad con el nombre de la institución, surge la nueva denominación Escuela San Ignacio de Loyola.
